Через очистную установку постоянно пропускается с небольшой скоростью сточная вода. Происходит непрерывное культивирование микроорганизмов и образование биоплёнки на поверхности насадки. Непрерывное культивирование микроорганизмов продолжается при температурe от 5 ⁰С и выше. После накопления достаточного количества биоплёнки на насадке, очистка происходит от 0 ⁰С до 35 ⁰С. Время  контакта очищаемой воды с биоплёнкой зависит от величины загрязнённости очищаемой воды. Контакт воды с биоплёнкой микроорганизмов разрушает растворенные химические вещества. Конечным продуктом являются безвредные для окружающей среды вещества: вода, углекислый газ, биогаз.

Контроль за работой биореакторов производится путём отбора проб поступающей и выходящей сточной жидкости.

Зная потребность производства в очистной установке определённой производительности, можно легко расчитать требуемый объём биореакторов, нужное количество насадки и т.д.